O comércio eletrônico, apesar de ter grandes benefícios, também tem certas limitações ou riscos, o que leva alguns consumidores a preferir continuar fazendo suas compras diárias da maneira tradicional, além de outras desvantagens, como as listadas abaixo:
Muitos compradores gostam de apreciar o produto na forma física, o que não é possível através do comércio eletrônico. Mas este risco pode ser resolvido, em grande parte, conhecendo a análise de outros usuários que já o adquiriram, para que eles possam ter uma idéia de sua qualidade ou da confiabilidade de seu fabricante.
Muitos usuários estão relutantes em dar informações sobre seus detalhes bancários ou de cartão de crédito, pois sabe-se que fraudes e golpes ocorrem pela Internet, mas é um risco também assumido pelo fabricante, que pode ser suplantado por cibercriminosos em seu próprio benefício. No entanto, existem lojas online cujas plataformas são invulneráveis.
Os sistemas de hospedagem web são suscetíveis a falhas ou mau funcionamento que têm sérias conseqüências para o negócio; nesse caso, eles podem perder clientes, reduzir suas vendas, diminuir a taxa de visitantes e muito mais. Portanto, é essencial mantê-los em constante manutenção.
Mais tempo para o processo de compra ao contrário do tempo utilizado em lojas físicas, portanto não é conveniente criar um comércio eletrônico para produtos perecíveis, como alimentos, pois eles poderiam chegar ao comprador em más condições, perdendo assim seu investimento.
O comércio eletrônico, apesar de estar associado a uma série de vantagens e desvantagens, continua sendo indispensável para milhões de usuários ao redor do mundo; a melhor maneira de comprar e vender à distância sem ter que ter uma propriedade física ou ter que ter grandes equipes de trabalhadores vinculados a um determinado horário.